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由于涡轮分子泵的种类和型号是多种多样的，每种泵的操作方式由制造厂家提供，涡轮分子泵的操作*简单、*便宜的方法是同时启动涡轮分子泵和前级泵，当涡轮分子泵加速到正常转速时，同时也预抽完了该系统，在此初始高压强预抽阶段，油蒸汽的返流是不可能的。因为这时系统内气体处于粘滞流或层流状态，排出气体的密度大，可阻挡任何碳氢化合物的分子向涡轮分子泵方向返流。当达到分子流态时，涡轮分子泵已进入正常速度运转，在泵高压缩比的情况下运转时，就可防止了油蒸汽的返流。

当涡轮分子泵关闭或运转极慢时，泵将不再有足够大的压缩比（泵内压力梯度）来阻止前级侧存在的碳氢化合物通过涡轮叶片向真空室进行返流。这种现象称作反扩散或分子返流。在静态条件下，整个系统的压力均衡时，在前级管道侧，油的分压力通常为10-4～10-6Torr（或 13.33mPa～133.3μPa）*后也会波及到泵的入口处。当泵关闭时，适当地给泵内充气是控制油分子返流，保持真空室内无碳氢化合物的一种有效的措施。

高温时断水、断电。真空设备*怕的就是高温时断水、断电。因此用户*好在设备安装时建有备用水箱或连有自来水管。 设备在高温时断水、断电，此时，泵、阀门均应处于关闭状态，操作人员应马上接通备用水或自来水，对设备进行水冷，如不能很快来电，还应打开充放气系统的手动充气阀，对设备进行充气保护，充气压力为-0.02MPa左右。然后，把控制柜上的全部按钮关至“关”的位置。同时用湿毛巾搭在电极引出接口处，定期更换，以免电极接口过热，造成密封圈损坏。

真空泵的工作压强应该满足真空设备的极限真空及工作压强要求。如：真空镀膜要求1×10-5mmHg的真空度，选用的真空泵的真空度至少要5×10-6mmHg。通常选择泵的真空度要高于真空设备真空度半个到一个数量级。